Lean sistemos bruožų galima pastebėti jau XVI amžiuje vykstančiuose procesuose. Pavyzdžiui, Prancūzijos karalius Henris III stebėjo procesą, kaip Venecijos laivai buvo surinkinėjami skiriant tam mažiau negu valandą laiko bei naudojant nenutrūkstamo tiekimo procesus. Taip pat galima paminėti ir XVIII amžiuje Eli Whitney suformuotą keičiamų detalių teoriją. Tačiau Lean sistema su visomis savo metodikomis atsirado XX amžiuje.

Manytina, kad pirmasis Lean principų užuomazgas gamybos procese pradėjo taikyti Henry Ford savo automobilių gamybos kompanijoje. Jo kompanijoje darbuotojų atlyginimai didėjo, o produkcijos kaštai mažėjo. Tai sukrėtė ne tik Jungtines Amerikos Valstijas (iš kur buvo kilęs Henry Ford), bet ir visą likusį pasaulį. Henry Ford visam pasauliui stengėsi parodyti, kaip veikia jo produkcijos sistema.

Eiji Toyoda taip pat turėjo automobilių gamybos kompaniją, kuri pagamindavo žymiai mažiau automobilių negu Henry Ford kompanija. Eiji Toyoda nusprendė imtis tam tikrų veiksmų situacijai gerinti. Eiji Toyoda suprato, kad Henry Ford naudojama sistema visiškai netinka Japonijos valstybei, todėl nusprendė sukurti naują sistemą. Taip atsirado Toyota gamybos sistema, kuri yra Lean sistemos pagrindas. Iš tikrųjų, Lean sistemos filosofija ir šios sistemos metodai atitinka Toyota gamybos sistemą.

Apibendrintai galima pasakyti, kad Toyota gamybos sistema padėjo šiai kompanijai pasiekti stulbinamų rezultatų gamybos srityje. Be to, Toyota gamybos sistema yra Lean sistemos lopšys, kuri šiandien yra taikoma įvairiose verslo srityse.